Los presupuestos de las entidades del Sector Público deben regirse siempre a los siguientes principios:

• Universalidad: Los presupuestos de cada institución deben reflejar sus ingresos y gastos.  Antes de incluir estos requerimientos financieros en el Presupuesto General del Estado, la institución que solicita el presupuesto no podrá hacer una compensación; es decir, no utilizará los requerimientos financieros detallados en un ingreso para otro gasto que no sea el original. Por ejemplo, si la entidad dice que requiere  una “x” cantidad de dinero para infraestructura hospitalaria, no lo destinará a pago de sueldos del personal médico.
• Unidad: Es el conjunto de ingresos y gastos que se detallan en un solo presupuesto, bajo un diseño igualitario. Por ninguna causa se pueden abrir presupuestos especiales ni extraordinarios.
• Programación: Todas las asignaciones financieras que se detallan en los presupuestos, deben ir a la par con las necesidades de recursos financieros  que permitan conseguir los objetivos y metas propuestas en las necesidades presupuestarias  anual y plurianual.
• Equilibrio y Estabilidad: El presupuesto debe mantener equilibrio con las metas planificadas para el año, bajo un contexto de estabilidad presupuestaria en el mediano plazo, entre el déficit /superávit (pérdida/ganancia).
• Plurianualidad: El presupuesto anual se elabora en el marco de un escenario plurianual (para 4 años) y debe ser  coherente con las metas fiscales de equilibrio y sostenibilidad fiscal de mediano plazo. Por ejemplo si para el 2011 se asigna un presupuesto “X”, para el 2012 se considerarán otras necesidades y otro presupuesto.
• Eficiencia: La asignación y utilización de los recursos del presupuesto deben ser canalizados con responsabilidad para la obtención de bienes u otorgar servicios públicos al menor costo posible, pero considerando la calidad del bien o servicio.
• Eficacia: El presupuesto contribuye para que se logre alcanzar las metas propuestas y concretar los resultados definidos en los programas contenidos.
• Transparencia: El presupuesto se expondrá con claridad, de forma que pueda ser entendido a todo nivel, tanto de la organización del Estado, como de la sociedad. Se harán además, permanentemente, informes públicos sobre los resultados de su ejecución.
• Flexibilidad: El presupuesto no será de ninguna manera rígido, se considerará la posibilidad de realizar modificaciones, cuando esto sirva para encaminar de mejor forma la utilización de los recursos, a fin de conseguir los objetivos y metas programadas.
• Especificación: Todo presupuesto indicará con claridad las fuentes de los ingresos y la finalidad específica a la que se destinará esos recursos financieros. No se podrá gastar más de lo asignado o asignar los recursos para propósitos distintos a los que fueron originalmente establecidos.